在论文写作过程中，引用文献是必不可少的部分，但有时候查重系统可能会误判引用部分为抄袭。为避免这种情况，建议在论文中清晰标注引用部分，并附上正确的引用格式。同时，可以在提交论文前自行使用查重工具检测，确保引用部分被正确识别。若出现误判，及时向相关部门提出申诉，并提交详细的证据证明引用的合法性，以维护自身权益。

论文查重中引用文献的误判可能会给作者带来不必要的麻烦，因此在写作过程中应当严格按照学术规范进行引用，并保留好原始引用资料。若遭遇误判，作者可通过学术道德委员会或相关部门提出申诉，提交详细的引用证据和参考文献列表，以证明引用的合法性。同时，积极与查重系统的开发商沟通，寻求技术支持和解决方案，以避免类似情况再次发生。